Muchos años después de Alicia en el país de las maravillas y A través del espejo, la familia de Alice sufre una trágica muerte en un misterioso incendio se murio su mama , del cual solo logra salir viva nuestra heroína. Desesperada y en soledad decide suicidarse, pero en lugar de morir es internada en el Rutledge Asylum. La angustia, la culpa y su creciente locura causan gran daño al País de las Maravillas, donde la Reina de corazones ha aumentado enormemente su poder y ha convertido a este mundo mágico en una verdadera pesadillaDespués de que Alice es dada de alta del asilo en el cual estuvo encerrada, la encontramos viviendo en Londres bajo el cuidado de un psiaquiatra. Alice no se ha recuperado del todo de la traumatizante muerte de su familia y aun sufre de alucinaciones y delirios causados por su pasado. Su psiquiatra la incita a olvidar lo sucedido, que recordar solo le trae pesar y dolor, pero Alice está determinada a indagar que pasó en realidad cuando murió su familia a causa del incendio. Es por esta razón que decide regresar a su País de las Maravillas, pues es aquí el único lugar donde puede protegerse a si misma, física y mentalmente, y en donde encontrará todas las respuestas que ella busca. Alice vuelve a utilizar su tan conocida Espada Vorpal (Vorpal Blade) y se agregan algunas armas tales como el Caballo de Juguete (Hobby Horse), el Cañón Tetera (Tea Pot Cannon) y el Pimentero como arma de largo alcance, similar a una Ametralladora(Pepper Grinder). A medida que el juego avanza, Alice debe atravesar este mundo estrafalario y corrupto tratando de recuperar sus memorias. Cuenta con nuevas habilidades como el doble salto, encogerse y agrandarse para llegar a nuevas áreas de juego y movimientos rápidos para esquivar ataques. También tiene el poder de entrar en modo de Histeria (el cual se activa cuando Alice está al borde de la muerte) y causar mucho más daño a sus enemigos terminando el trabajo más rápido.